少年編序盤（1巻〜13巻）：物語の土台となる伏線群
NARUTOの伏線は第1話から既に始まっている。ナルトの体内に九尾が封印されているという設定は、後に九尾のチャクラモード、そしてクラマとの和解へと繋がる壮大な伏線の起点だ。同時に、ナルトが里の人々から忌み嫌われている理由も、この封印にある。
波の国編で登場した白と再不斬のエピソードは、NARUTOのテーマを凝縮した伏線だった。「大切な人を守るために強くなる」という白の信念は、後にナルトの行動原理となる。また、再不斬が最期に涙を流すシーンは、「敵にも人間性がある」というNARUTO全体のテーマの先駆けだ。
中忍試験編では、大蛇丸が暗躍を始める。サスケに呪印を与えるシーンは、サスケの「闇落ち」への長い伏線の始まりだ。この時点で岸本は、サスケが里を離れる展開を確定していたと思われる。呪印が「力への渇望」を増幅させるという設定が、サスケの心理を徐々に蝕んでいく。
また、ヒナタのナルトへの想いもこの時期から丁寧に描かれている。中忍試験でのネジ戦を経て、ヒナタの「ナルトくんを見ていると勇気が出る」という台詞は、後のペイン戦での告白シーンへの伏線だ。岸本はロマンス要素をバトルの中に自然に織り込んでいた。
少年編序盤で見逃されがちだが重要な伏線として、イルカ先生の存在がある。ナルトにとって最初の「認めてくれた大人」であるイルカは、最終話でナルトの火影就任を見届ける人物となる。第1話と最終話が呼応するこの構造は、岸本の計算の深さを示している。
少年編後半（14巻〜27巻）：サスケの離反と師弟の絆
木ノ葉崩しからサスケ奪還編にかけて、物語は大きく動く。イタチの登場は、NARUTOにおける最も重要な伏線の一つだ。サスケの兄でありうちは一族を皆殺しにした男。しかし、この時点で岸本は「イタチの真実」を既に構想していた。
イタチがサスケと対峙した際、彼がサスケを殺さなかったのは明白な伏線だ。うちは一族を皆殺しにできる実力者が、弟だけは見逃す。この矛盾に読者は気づいていたが、「サスケを成長させるため」という表面的な理由で一旦納得させられた。真の理由は遥か先で明かされることになる。
自来也がナルトの師となるエピソードでは、「予言の子」という概念が初めて登場する。大ガマ仙人の予言によれば、自来也の弟子が世界に大きな変革をもたらすという。この予言がナルトを指しているのは明白だが、「かつては長門（ペイン）がその候補だった」という情報が後に追加されることで、伏線の深みが増す。
サスケ奪還編のクライマックス、終末の谷での初戦は、最終決戦の「予告」として機能した。柱間とマダラの銅像の前で戦うナルトとサスケ。この場所選びは偶然ではなく、転生者の因縁を視覚的に表現した伏線だ。
イタチの真意＝うちは一族事件の真実へ（約10年後に回収）
予言の子＝ナルトの運命への布石
終末の谷・初戦＝最終決戦の予告
呪印の段階＝大蛇丸の研究の深さ
暁の存在＝第二部での敵組織の伏線
疾風伝前半（28巻〜43巻）：暁との戦いと真実の断片
第二部・疾風伝が始まると、物語のスケールは一気に拡大する。暁というオールスター悪役集団の登場により、伏線の密度も格段に上がった。各メンバーの過去と動機、そして彼らを操る「影」の存在が、少しずつ明かされていく。
デイダラとサソリの暁コンビが砂隠れを襲撃する我愛羅奪還編は、ナルトの成長を示す重要なエピソードだ。同時に、チヨバアとサソリの祖母と孫の対決は、「世代間の因縁」というテーマの変奏曲として機能する。このテーマは後に、ナルトとペインの対決で頂点に達する。
アスマの死は、シカマルの覚醒を促す伏線だった。「王」が誰なのかという問いに対する答え――「次の世代の子供たち」――は、NARUTOのテーマの核心に触れている。この「次世代への継承」というモチーフは、物語の最終的な結論と直結する。
イタチとサスケの決戦は、長年の伏線が一気に回収される瞬間だった。しかし、イタチの死後に明かされる「真実」が本当の伏線回収だ。マダラ（トビ）がサスケに語るイタチの真実――一族を守るために一族を滅ぼした男の悲劇。この回収は、読者のイタチに対する認識を180度覆した。
自来也の死もまた、重要な伏線の起点だ。ペインとの戦いで命を落とす直前、自来也が残した暗号メッセージは、ペインの正体を解く鍵となる。「師匠の死が弟子の覚醒を促す」という構図は、古典的だが非常に効果的な伏線設計だ。
疾風伝後半（44巻〜59巻）：ペイン来襲と五影会談
ペイン来襲編は、NARUTOの伏線回収が最も密集したエピソードの一つだ。長門が自来也のかつての弟子だったという事実は、「予言の子」の伏線に新たな層を加えた。自来也の弟子は三人おり、誰が世界を変える者になるかは確定していなかった。
ナルトがペインを「話し合い」で説得するシーンは、自来也の教えの伏線回収だ。「いつか人が本当に分かり合える時が来る」という自来也の信念を、ナルトがペインに対して実践した。この説得が成功したことは、ナルトが「予言の子」であることの最終的な証明となった。
ヒナタがペインに立ち向かうシーンでの告白は、少年編から張られていた伏線の回収だ。ヒナタの想いは読者にとっては明白だったが、ナルト本人は気づいていなかった。この「読者だけが知っている」構造は、回収時の感動を最大化するための岸本の計算だ。
五影会談編では、サスケが暁と行動を共にし、各国の影と対峙する。サスケの復讐がうちはから木ノ葉全体へと拡大する展開は、憎しみの連鎖というテーマの伏線回収だ。イタチの真実を知ったサスケが、イタチの犠牲を「無駄」にした里に怒りを向ける。この心理は論理的に理解できるものであり、だからこそ恐ろしい。
また、この時期にダンゾウの過去が描かれ、うちは一族事件の全貌が明らかになる。柱間細胞を移植した腕、イザナギの乱用、そしてシスイの写輪眼。ダンゾウの存在は、「正義のための悪」というNARUTOの重要テーマを体現していた。
第四次忍界大戦（60巻〜72巻）：全伏線の総回収
第四次忍界大戦は、NARUTOの全伏線が一気に回収されるグランドフィナーレだ。穢土転生で蘇った忍たちとの戦いは、過去のエピソードの伏線を次々と回収していく。
トビの正体がオビトと判明し、カカシ外伝の伏線が回収される。同時に、マダラの穢土転生体が圧倒的な力で戦場を蹂躙する展開は、「伝説の忍」がいかに恐ろしい存在だったかを証明した。柱間とマダラの過去回想は、NARUTOの対比構造の原型を示す重要なエピソードだ。
ナルトが九尾・クラマと和解するシーンは、第1話から張られた最大の伏線の回収だ。里の人々に恐れられた九尾が、ナルトの最大の力になる。「憎しみの象徴」が「絆の象徴」に変わる。この変化こそがNARUTOの物語そのものだ。
六道仙人が精神世界でナルトとサスケに力を授けるシーンは、インドラとアシュラの転生という伏線の回収であると同時に、「今度こそ終わらせてほしい」というハゴロモの願いの表明だ。永遠に続くかに思えた対立の連鎖を、この二人で断ち切る。その覚悟が最終決戦への布石となる。
最終話、終末の谷でのナルトとサスケの決着は、全ての伏線が一点に収束する瞬間だ。第1話で始まった二人の物語が、同じ場所で完結する。互いに片腕を失う結末は、「対等な関係」の象徴であり、インドラとアシュラの因縁に終止符を打つものだった。