第1部〜第2部（1880年代〜1938年）：全ての起源
第1部ファントムブラッド（1880年代）は、ジョジョの全ての伏線の起点だ。ダリオ・ブランドーがジョースター家に恩を売ったことで、ディオとジョナサンの運命が交差する。この「偽りの恩」が、100年以上続く因縁の始まりだった。
石仮面をディオが被り吸血鬼となったことで、「人間を超える力」のテーマが始まる。ジョナサンが波紋で対抗したのは、「人間の力で人間を超えた存在と戦う」というジョジョの基本構図の確立だった。この構図は形を変えながら全ての部で繰り返される。
ジョナサンの死と、ディオによる肉体の簒奪は、第3部〜第6部全ての物語の起動装置となる。ジョナサンの体が海底に沈んだ1889年から、DIOが引き上げられる1983年まで、約100年の「空白」が物語のサスペンスを生む。
第2部・戦闘潮流（1938年）では、石仮面の起源が「柱の男」にあることが明かされる。これは第1部の伏線回収であると同時に、「石仮面の力は人間が作ったものではない」という新たな伏線の提示だ。カーズが究極生命体を目指した野望は、ディオの「人間を超えたい」という欲求のさらに上位版。
ジョセフ・ジョースターの「次にお前は〜と言う」という戦法は、「相手の先を読む」能力の表れだ。これは後にジョースター家のスタンド能力にも通じる「先を見通す力」の伏線とも解釈できる。
石仮面＝柱の男の発明品（第1部→第2部で回収）
ジョナサンの体＝DIOが奪取（第1部→第3部へ）
波紋＝スタンドの前身概念
「人間讃歌」テーマ＝全部共通の基盤
第3部〜第4部（1987年〜1999年）：スタンドの時代の幕開け
第3部スターダストクルセイダース（1987年〜1988年）で、ジョジョの世界は一変する。スタンドという概念の導入により、能力バトルの可能性が無限に広がった。DIOの復活がジョースター家にスタンドを発現させるという設定は、因縁を「力の連鎖」として可視化した画期的な伏線だ。
承太郎のスタープラチナがDIOのザ・ワールドと同じ「時を止める」能力を持つことが判明するシーンは、第3部最大の伏線回収だ。ジョースター家の血がDIOの体を通じてスタンドに影響を与え、結果として「同じ能力」を発現させた。敵と同じ力でしか敵を倒せないというのは、因縁の究極的な表現だ。
DIO戦後に回収されなかった伏線として、スタンドの「矢」の存在がある。第3部ではDIOの部下がスタンド使いを増やす手段として矢が使われたことが示唆されたが、その詳細は第4部以降に持ち越された。
第4部ダイヤモンドは砕けない（1999年）は、「日常の中に潜む悪」をテーマに展開する。吉良吉影の「平穏な生活」への執着は、DIOのような壮大な野望とは対極にある。この「日常スケールの悪」という概念は、ジョジョの伏線テーマを拡張した。
第4部で虹村兄弟を通じて矢の存在が掘り下げられ、スタンドの発現メカニズムの一端が明かされる。矢で射られた者だけがスタンド使いになれるという設定は、第5部のレクイエムへの重要な布石だった。杜王町での矢をめぐる物語は、第5部のイタリアでの矢の争奪戦へと繋がっていく。
第5部〜第6部（2001年〜2012年）：DIOの遺産と因縁の終焉
第5部黄金の風（2001年）は、DIOの遺産が最も色濃く影響する物語だ。ジョルノ・ジョバァーナがDIOの息子でありながらジョースターの黄金の精神を持つという設定は、第1部からの血統の伏線の集大成だ。
矢をめぐる争奪戦は第4部からの伏線回収であると同時に、矢の「最終形態」であるレクイエムの発現という新たな展開を生んだ。ゴールド・エクスペリエンス・レクイエムの「全てを無に帰す」能力は、ディアボロの「結果だけを手にする」能力の完全な対抗手段だった。この対称構造は、第3部のスタープラチナとザ・ワールドの関係の反復だ。
第5部で特筆すべき伏線は、「ギャング組織を正義のために利用する」というジョルノの理念だ。これは第1部のジョナサンの「正面からの正義」とは全く異なるアプローチであり、ジョースターの正義が時代とともに変化していることを示す。
第6部ストーンオーシャン（2011年〜2012年）は、旧世界のジョジョを締めくくる物語だ。プッチ神父がDIOの「天国」計画を実行するという筋は、第3部でDIOが語っていた断片的な言葉の伏線回収だ。DIOの死後に遺志が継承されるという展開は、ジョースター家の「黄金の精神の継承」との対比になっている。
メイド・イン・ヘブンによる宇宙の一巡は、第1部から第6部までの全ての因縁に対する究極の決着だ。DIOとジョースターの因縁は、宇宙レベルのリセットによって初めて断ち切られた。この大胆な結末は、荒木が「物語を終わらせる」ことに対して真剣に向き合った結果だ。
第7部（SBR世界・1890年）：パラレルからの再起動
第7部スティール・ボール・ラン（1890年）は、旧世界とは異なるパラレルワールドを舞台にした「再起動」だ。しかし、この再起動には旧世界の伏線を「変奏」する意図が込められている。
ジョニィ・ジョースターは、ジョナサンの「パラレル版」だが、性格は全く異なる。下半身不随の元騎手で、自分自身のために戦う。ジョナサンの「他者のための自己犠牲」とジョニィの「自分のための成長」の対比は、荒木がジョースター家のテーマを新たな角度から探求していることを示す。
ディエゴ・ブランドーもまた、ディオの変奏だ。DIOほどの絶対的悪ではなく、自分の野望のために手段を選ばない「グレーな敵役」として描かれている。ディエゴのスタンド「スケアリー・モンスターズ」は恐竜化能力であり、DIOの時間停止とは全く異なる。しかし「人間を超えた力」を持つ点では共通している。
第7部で最も重要な伏線的要素は「遺体（聖人の遺体）」だ。この遺体を集めることで得られる力は、旧世界のスタンドの矢に相当する「超常的力の源泉」だ。しかし遺体の起源は矢の隕石よりもさらに神秘的であり、宗教的な意味合いを帯びている。
ファニー・ヴァレンタイン大統領の「D4C」は平行世界を操る能力であり、メタ的に見れば「ジョジョが旧世界と新世界を持つこと自体」を作中で表現したスタンドだ。この入れ子構造は、荒木の伏線テクニックの中でも最も実験的な試みだ。
第7部は旧世界の「リメイク」ではなく「変奏」だ。同じモチーフを異なる文脈で再演することで、旧世界の伏線が新たな意味を帯びる
第8部（SBR世界・2011年〜）と部を超えた因果の全体像
第8部ジョジョリオン（2011年〜）は、SBR世界の現代を舞台にした物語だ。第4部の杜王町を舞台にしながらも、全く異なる物語が展開される。東方定助（吉良吉影と空条仗世文の融合体）という前代未聞の主人公は、「アイデンティティの探求」をテーマに据えている。
ジョジョリオンのロカカカの実は、SBR世界における「力の源泉」としてスタンドの矢や聖人の遺体と並ぶ重要アイテムだ。等価交換という概念は、ジョジョの世界全体に流れる「代償を伴う力」というテーマの変奏だ。石仮面は人間性を代償に不死を与え、スタンドの矢は命を代償に能力を与え、ロカカカは体の一部を代償に治癒を与える。
全8部を俯瞰した時、ジョジョの伏線タイムラインは二つの軸で構成されていることが分かる。一つは「血統の軸」。ジョースター家の血が世代を超えて受け継がれ、各時代で因縁と対峙する。もう一つは「テーマの軸」。人間讃歌、運命、正義、成長。これらのテーマが部ごとに深化していく。
荒木飛呂彦が30年以上かけて構築したこの壮大なタイムラインは、全ての部が独立して楽しめると同時に、全てが繋がっているという驚異的な構造を持つ。これは漫画史上、他に類を見ない偉業だ。
そしてジョジョの物語はまだ終わっていない。第9部「ジョジョランズ」が始まり、新たな伏線が張られ続けている。130年以上の物語時間と30年以上の連載期間。ジョジョの伏線タイムラインは、まだ完結を見ていない進行中の壮大な実験なのだ。